Dukakinler Arnavutluk hanedanından olup Osmanlı hizmetini kabul ederek Ahmed Paşa ile kardeşi Mahmud Bey Müslüman olmuşlardır. Müslümanlığı kabul etmeyenler ise Napoli’ye gitmişlerdir.

Ahmed Paşa, Mehmed Paşa’nın babası olup 920’de (1515) Amasya’da vefat etti. Sicilli Osmanî yazarı Ahmed Paşa için şunları söylüyor: “Duka Arnavutça bey demektir. Menebor dukasının emsalsiz iki oğlu olduğunu Fatih Sultan Mehmed işitmiş, ‘Şunlar İslâm olsalar’, demiştir. Manevi nüfuzunun etkisiyle bunlar İstanbul’a kaçıp Müslüman olmuşlar ve isimleri Ahmed ve Mahmud konup mabeyni hümayuna alındılar. Mahmud vefat eyledi ve Ahmed Bey, beylerden (ümeradan) oldu ve ilerleyerek Sultan I. Selim zamanında vezir oldu. 920’de (1515) Amasya kışlağında katledildi. Âlim ve fâzıl bir zat idi. Oğlu Mehmed Paşa’dır.”

Mehmed Paşa’nın kabri Eyüp Sultan Camii’nin kıblesi yönündeki mezarlığın ortasındadır. Burada açık bir türbe bulunmaktadır. Kare biçiminde yapılmış olan mermer türbenin sağ ve sol cephesinde beşer, arka cephesinde sekiz, ön cephesinde ise yedi pencere ve bir kapı vardır. Sağ cephesi tamamen yıkılmış ve mermer kiriş ve topuzlu demir parmaklıkları sağa sola atılmıştır. Türbenin bir kısmı set hâlindedir. Türbenin 10 kadar penceresi yıkılmıştır. Taşları yerdedir.

Türbenin içinde muhteşem mermer bir lahit vardır. Baş taşı dolama sikkelidir. Ayak tarafında ve lahit kapağının üzerinde bir satır halinde ve 963 (1555/56) tarihli bir yazı vardır. Lahdin baş tarafında ve bir çerçeve içindeki yazı özellikle kazınmıştır. Burada ismin yazılı olması kuvvetle muhtemeldir. Bu türbenin kapısı yanına atılmış, sütun şeklinde kırık bir şahide bulunmaktadır.

Sütun şahidesinin altında bir delik vardır. Diğer bir delik de lahdin arkasında ve üsttedir. Bu şahidenin buraya oturtulduğu sanılmaktadır. Bu durumda bu muhteşem lahit Dukakinzâde Mehmed Paşa’ya ait olmalıdır.

Bu kırık şahidenin 34 adım ilerisinde yine bir sütun şahidesi bulunmaktadır. 969 (1561/62) tarihli olan bu taşta altı sıra hâlinde hazırlanmış bir kitabe mevcuttur. Yazıya göre bu kabir; “Ali Bey bin Mehmed Paşa”ya aittir. Kabrin ayak taşı yoktur. Daha sonra yerleştirilen şahidelerle burası çok değişikliğe ve bazı tahribata uğramıştır.

Mehmed Paşa’nın zevcesi Gevherimülûk Sultan’ın kabri biraz ilerde Defterdar Caddesi üzerinde ve Şah Sultan Türbesi arkasındaki hazirededir. Hurma ağacı kabartmalı şahidesindeki kitabesi şudur:

Hüv’elHallak’ülBâki / Hayf Gevherimülûk’a ey dil hayf / Hâke
düştü o gevheridrak / Nesli Sultan Beyazıd idi ol / cümle âlem
revâkla yıka pâk / Didi Anka vefatına tarih/ Daldı deryâyı rahmete
ol pâk/ 988 (1580/81)

Dukakinzâde Mehmed Paşa’nın babasının adını verdiği oğlu Ahmed Paşa kendisinden bir sene sonra vefat etmiş ve annesi olması kuvvetle muhtemel Gevherimülûk Sultan’ın yanına gömülmüştür.