Molla Şemseddin Fenarî’nin torunu Muhyiddin Efendi, Alaaddin Ali Efendi’nin oğludur. Ali Efendi yüksek tahsilini Herat ve Buhara’da tamamlamış ve Bursa’da müderris olmuştur. 903’de (1498) vefat etmiştir.

Muhyiddin Efendi 851’de (1447/48) Bursa’da doğdu. İyi bir eğitim görmüş ve müderris olmuştur. Sonra Edirne kadısı, 928’de (1521/22) İstanbul kadısı, 929’da (1522/23) Anadolu kazaskeri ve 930’da (1523/24) Rumeli kazaskeri olup bu görevde 14 yıl kaldıktan sonra azledilerek emekli oldu.

Sonra hacca gidip orada bir yıl kaldı ve Tefsiri Şerif okuttu. 949’da (1542/43) şeyhülislâm olup 952’de (1545/46) yaşlılığı sebebiyle istifa etti.

26 Zilkade 954’de (7 Ocak 1548) vefat etti. Sütun şeklindeki şahidesi Eyüpsultan’da Beybaba Sokağı üzerinde ve Küçük Emir Efendi Türbesi’nin hemen yanında ve sol tarafındadır.

Kardeşinin oğlu olan ve 970’de (1562/63) ölen Galata Kadısı Abdülbaki Çelebi’nin kabri de yanındadır. Muhyiddin Efendi fukara babası, fâzıl ve sofu idi. Alışverişte helâli tercih eder, kul hakkına çok dikkat ederdi. Tok sözlü idi. Sicilli Osmanî yazarı Mehmed Süreyya Bey’in bu ifadesine karşı Salahzade Efendi “Mevki ve iclal düşkünü olmakla şöhret bulmuştur. Gerçi zahir hâlleri mamur velâkin batınları idareye müteallik incelikten uzak idi.” demektedir.

Hacda iken azline sebep olan Ayas Paşa’nın vefatını temenni zımnında Beyti Şerif’in halkasına yapışıp bi’littifak o gün Paşa vefat etmiştir.

Kendisi şair olup divanı vardır. Şiirdeki mahlası Muhyi’dir. Bir kıt’ası şöyledir:

Öğerler gerçi kim sabrı cemili
Veli sabrın dahi erzanı hoşdur
Dili Muhyi’den eksik olmasın derd
Misafirhânenin mihmanı hoşdur

Sadrü’şŞeria’ya dair risaleler, Hidâye’ye dair makaleler yazıp Seyyid Şerif’in Miftah’ına haşiye yazdı.

Muhyiddin Efendi’nin, Eyüp’te bir bahçesi vardı. Bu bahçe Baba Haydar’da ve Şeyhülislâm Mustafa Efendi Tekkesi’nin yerinde idi. Bahçesinin Maslak yokuşu karşısındaki istinat duvarları bugün de mevcuttur. Muhyiddin Efendi’nin yüksek bir yerde bulunan bu bahçe içindeki konağında vefat ettiği sanılmaktadır.

Bu ailenin bahçe ve çiçek meraklısı olduğu muhakkaktır. Galata kadısı olup 970 Rebiyülahirinde (Aralık 1562) vefat eden Fenarîzade Abdülbaki Efendi’nin de Üsküdar’da meşhur bir bahçesi vardı.